La guerra contra el narcotráfico ha aumentado considerablemente el encarcelamiento por delitos relacionados con drogas cuando los delitos contra la salud y la delincuencia organizada se incorporaron de manera central a la política de seguridad nacional.  Pero muchas de las personas que entran en contacto con el sistema penal lo hacen por delitos de drogas de bajo nivel: narcomenudeo o posesión simple. Este encarcelamiento afecta de manera particular a personas en condiciones de vulnerabilidad, especialmente mujeres y personas indígenas, ya que enfrentan mayores dificultades para acceder a una defensa adecuada. Sus detenciones no tienen un impacto significativo en la seguridad pública y el mal uso de la prisión preventiva oficiosa mantiene encarceladas a personas que aún no han recibido una sentencia. En 2020, surgió la Ley de Amnistía para corregir estas injusticias generadas por el sistema de justicia penal y combate al crimen organizado. La ley ha permitido liberar a personas, pero su alcance ha sido limitado.